Il percorso formativo del seminario è strutturato in alcune tappe che si strutturano secondo tempi e obiettivi differenti. Senza rigidità e prevedendo la possibilità di personalizzare ogni cammino, le tappe sono così previste e descritte dalla Ratio:

–Tappa propedeutica. Si tratta di “unperiodo di tempo – ordinariamente non inferiore a un anno e non superiore a due – per una preparazione di carattere introduttorio, in vista della successiva formazione sacerdotale o, invece, della decisione di intraprendere un diverso cammino di vita. La propedeutica è una tappa formativa indispensabile, con una sua specificità. L’obiettivo principale consiste nel porre solide basi alla vita spirituale e nel favorire una maggiore conoscenza di sé per la crescita personale. (…) dovrà trattarsi di un vero e proprio tempo di discernimento vocazionale, compiuto all’interno di una vita comunitaria, e di un “avviamento” alle tappe successive della formazione (…). È conveniente che la fase propedeutica sia vissuta in una comunità distinta da quella del Seminario Maggiore e, laddove possibile, abbia anche una sede specifica” (Ratio nn. 59-60).

–Tappa degli studi filosofici (o discepolare). È “una tappa specifica, nella quale vanno impiegate tutte le energie possibili per radicare il seminarista nella sequela Christi, ascoltando la Sua Parola, custodendola nel cuore e mettendola in pratica. Questo tempo specifico è caratterizzato dalla formazione del discepolo di Gesù destinato a essere pastore, con una speciale attenzione verso la dimensione umana, in armonia con la crescita spirituale, aiutando il seminarista a maturare la decisione definitiva di seguire il Signore nel sacerdozio ministeriale, nell’accoglienza dei consigli evangelici”. Solo “dopo tale tappa sarà possibile l’ammissione del seminarista tra i candidati agli Ordini (petitio, o candidatura, etc.), quando risulta che il suo proposito, sostenuto dalle doti richieste, abbia raggiunto una sufficiente maturazione. La Chiesa accogliendo l’offerta di sé da parte del seminarista, lo sceglie e lo chiama, perché si prepari a ricevere in futuro l’Ordine Sacro” (Ratio nn.61-67).

–Tappa degli studi teologici (o configuratrice). In questo tempo “la formazione si concentra sul configurare il seminarista a Cristo, Pastore e Servo, perché, unito a Lui, possa fare della propria vita un dono di sé agli altri. Questa configurazione esige un ingresso profondo nella contemplazione della Persona di Gesù Cristo, Figlio prediletto del Padre, inviato come Pastore del Popolo di Dio. Essa rende la relazione con Cristo più intima e personale e, al contempo, favorisce la conoscenza e l’assunzione dell’identità presbiterale. Il contenuto di questa tappa è esigente e fortemente impegnativo. Si richiede, infatti, una responsabilità costante nel vivere le virtù cardinali, quelle teologali e i consigli evangelici, e nell’essere docili all’azione di Dio tramite i doni dello Spirito Santo, secondo una prospettiva prettamente presbiterale e missionaria; nonché una graduale rilettura della propria storia personale, secondo un coerente profilo di carità pastorale, che anima, forma e motiva la vita del presbitero. Nell’ottica e in vista del servizio a una Chiesa particolare, i seminaristi sono chiamati ad acquisire la spiritualità del prete diocesano, caratterizzata dalla dedizione disinteressata alla circoscrizione ecclesiastica di appartenenza o a quella nella quale di fatto si eserciterà il ministero, essendo egli pastore e servo per tutti in un contesto specifico” (Ratio 68-73).

–Tappa pastorale (o di sintesi vocazionale). “è compresa nel periodo tra il soggiorno in Seminario e la successiva ordinazione presbiterale, passando ovviamente attraverso il conferimento del diaconato. La finalità di questa tappa è duplice: da una parte, si tratta di essere inseriti nella vita pastorale, con una graduale assunzione di responsabilità, in spirito di servizio; dall’altra di adoperarsi per una adeguata preparazione, ricevendo uno specifico accompagnamento in vista del presbiterato. In questa tappa il candidato è invitato a dichiarare in modo libero, cosciente e definitivo la propria volontà di essere presbitero, dopo aver ricevuto l’ordinazione diaconale. (…) Dall’ordinazione presbiterale il processo formativo prosegue all’interno della famiglia del presbiterio. È competenza propria del Vescovo, coadiuvato dai collaboratori, introdurre i presbiteri nelle dinamiche proprie della formazione permanente” (Ratio nn. 74-79).